Um die Leser daran zu erinnern: Die letzte Episode von „Voyager“ mit dem Titel „Endgame“ (23. Mai 2001) warf einen Blick in eine mögliche Zukunft, in der die USS Voyager nach 20 Jahren erfolgreich zur Erde zurückkehrte. Janeway bereut eine Entscheidung, die sie vor Jahrzehnten getroffen hat, stiehlt ein Zeitreise-Widget und kehrt in die „Gegenwart“ von „Voyager“ zurück, um sich ihrem jüngeren Ich zu stellen. Die ältere Janeway befiehlt der jüngeren Janeway, Borg-Technologie zu nutzen, um schneller zur Erde zurückzukehren, obwohl die jüngere Janeway ein wenig verärgert darüber ist, dass ihr älteres Ich bei Zeitreisen so nachlässig war.
In dieser alternativen Zukunft sieht das Publikum, wie der Doktor mit einer Frau zur Erde zurückkehrt, obwohl nur wenige Informationen über sie gegeben werden. Nachdem eine jüngere Janeway vorzeitig zur Erde zurückgekehrt war, wurde diese alternative Version des Doktors möglicherweise aus der Geschichte gelöscht. Nach den Ereignissen von „Endgame“ ist vom Doktor kaum noch etwas zu sehen.
„Prodigy“ zeigt den Doktor, der immer noch in der Sternenflotte dient, eine aktualisierte Uniform trägt und unter dem Kommando von Admiral Janeway auf der Brücke der Voyager-A steht. Er ist der Chefarzt an Bord der neuen Voyager. Am wichtigsten ist, dass der Doktor immer noch von Robert Picardo gespielt wird, der zurückkehrt, um seinen Charakter zu spielen. Picardo ist jetzt 70 Jahre alt und klingt etwas älter als 2001. Dank der Magie der Animation ist der Doktor jedoch keinen Tag gealtert.
Da es sich bei Voyager-A um eine Flugschule handelt, scheint der Doktor die Rolle des stellvertretenden Schulleiters zu übernehmen. Er ist auch derjenige, der Dal (Brett Gray), Rok-Tahk (Rylee Alazraqui), Zero (Angus Imrie), Murf (Dee Bradley Baker) und Jankom Pog (Jason Mantzoukas) zu ihren Posten auf dem Schiff führt.
